首先，《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。也就是说，土地增值税是以一个项目为单位进行的清算，对属于同一清算单位所发生的房地产开发成本费用是不得从其他的房地产开发项目中扣除，对同一项目也不能作为两个清算单位，所以，对一个开发项目清算后，剩余的房产再转让不能再单独作为一个清算单位计算土地增值税。

　　其次，国税发[2006]187号文件还规定，在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积。土地增值税清算前期已售部分与清算后期销售部分，尽管单位建筑面积成本是相同的，但由于先后销售房屋的房价不一，一般来说，后期销售的房高于前期销售的房屋，而土地增值税又不是适用比例税率，而是根据增值率确定适用不同税率，即超率累进税率，其税率为30%、40%、50%、60%不等。土地增值税本身应当是在房地产开发项目全部竣工、完成销售后进行土地增值税清算，只不过考虑到等到全部销售后进行土地增值税清算，不仅跨期时间长，并且很容易让纳税人钻税收空子，所以，国税发[2006]187号文件作出规定，对达到规定条件的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算，但未全部销售之前的土地增值额的计算是根据已销售开发产品与相应的扣除项目确定的，并按已销售开发产品确定的适用税率。虽然已销售开发产品的增值额只能代表部分，清算单位实际实现的增值额及应适用的税率要等到全部销售后才能准确计算。但是，文件对土地增值税清算后再销售的开发产品，只能按清算时确定的单位建筑面积成本费用计算相应的扣除项目金额，不重新启动土地增值税清算。